Tanaman buah-buahan juga dapat dijadikan bonsai asalkan tanaman tersebut memenuhi kriteria dari tanaman bonsai. Terdapat berbagai jenis tanaman buah-buahan yang dapat dijadikan bonsai.

Adapun jenis tanaman buah-buahan yang dapat dijadikan bonsai yaitu sebagai berikut:
1. Buni (Antidesma bunius)

• Tanaman ini banyak ditemukan di hutan atau daerah yang masih liar.
• Buni tumbuh dengan ketinggian 15 – 30 m.
• Tanaman ini hidup di dataran rendah hingga dataran tinggi dengan ketinggian sekitar 1.300 m dpl.
• Daunnya berbentuk lanset dengan tangkai yang pendek.
• Merupakan tanaman berumah dua. Bunganya terdapat di ujung atau di ketiak.
• Buah buni bulat dan bergabung dalam dompolan memanjang. Ukuran buahnya kecil-k
• Warna buah muda hijau, kemudian berubah menjadi merah dan akhirnya menjadi ungu saat benar-benar sudah masak. Buahnya memiliki rasa asam segar dan manis.

2. Siantho (Eugenia uniflora)

• Nama Indonesia dari tanaman ini yaitu dewa ndaru atau cermai belanda dan nama latinnya yang lain yaitu Eugenia michelli.
• Tanaman berasal dari daratan Amerika Selatan.
• Tinggi normal tanaman ini di alam bebas yaitu mencapai 5 m.
• Buahnya dapat dimakan dengan rasa asam sepat sedikit manis. Bentuk buahnya seperti tomat dan berukuran kecil.

3. Delima (Punica granatum)

• Tanaman ini berasal dari dataran Asia.
• Delima cocok tumbuh pada daerah rendah sampai ketinggian 500 m dpl.
• Pohon delima memiliki percabangan yang rendah dengan duri-duri di ketiak.
• Daunnya berbentuk lanset atau memanjang.
• Jumlah bunga dalam ketiak dapat mencapai 5 buah dengan warna jingga atau kuning pucat.
• Warna buah dari tanaman ini bermacam-macam yaitu putih, hijau kekuningan, cokelat kemerahan, atau ungu kehitaman.
• Bijinya ada yang berwarna putih, merah atau merah muda.
• Buah yang telah masak dapat merekah dengan sendirinya. Rasanya ada yang manis dan ada yang asam.

4. Duwet (Eugenia cumini)

• Nama lain dari tanaman ini yaitu juwet atau jamblang.
• Tanaman ini di habitat aslinya mencapai tinggi 10 – 20 m.
• Daunnya bulat lebar memanjang.
• Bunganya tersusun dalam malai rata dengan cabang yang berjauh-jauhan dan berbau harum.
• Buah yang muda berwarna hijau dan berubah merah keunguan apabila sudah masak serta berbentuk bundar memanjang.
• Tanaman ini hidup normal pada ketinggian sekitar 300 m dpl dan sering ditemukan hidup liar di hutan-hutan.
• Bonsai dawet biasanya bergaya tegak dengan penampilan yang kokoh.

5. Jambu biji

• Dibandingkan dengan jenis pohon yang lainnya, jambu biji yang hidup di alam bebas tergolong kecil dengan tinggi antara 3 – 10 m.
• Kulit batangnya berwarna cokelat terang dengan permukaan licin.
• Daunnya bertangkai pendek berbentuk bulat panjang atau memanjang.
• Bunganya bertangkai dengan tabung kelopak berbentuk lonceng.
• Buahnya berbentuk bulat atau bulat telur terbalik. Buah muda berwarna hijau gelap dan bila masak menjadi kuning atau hijau muda.
• Warna daging buah ada yang kekuningan dan ada yang merah muda.

6. Kawista (Feronia limonia atau F. lucida)

• Tanaman ini di alam bebas dapat mencapai ketinggian 8 – 10 m.
• Daunnya terdiri atas 3 – 7 anak daun. Bentuk daunnya bulat telur memanjang dengan pangkal runcing tetapi ujungnya tumpul.
• Bunganya terdapat dalam malai kecil atau tandan berwarna kuning kehijauan atau kemerahan.
• Buahnya berbentuk bola yang khas dengan kulit tebal.
• Tanaman ini banyak tumbuh liar di pantai hingga pedalaman.

7. Lobi-lobi (Flacourtia inermis)

• Lobi-lobi yang tidak dibonsai berupa pohon dengan tinggi 5 – 15 m.
• Tanaman muda mempunyai duri di ketiak.
• Bentuk daunnya oval meruncing panjang. Daunnya sewaktu muda berwarna cokelat kemerahan kemudian berubah menjadi hijau.
• Pohon lobi-lobi berumah dua. Buahnya berbentuk bola kecil atau bola pipih berwarna merah.
• Daging buah berwarna putih dengan rasa asam sedikit manis.
• Lobi-lobi sering dibuat sebagai bahan manisan.

8. Maja (Aegle marmelos)

• Tanaman maja berkerabat dengan jeruk.
• Tanaman ini di alam bebas mencapai ketinggian 10 – 15 m.
• Batangnya memiliki ranting-ranting berduri.
• Daunnya terdiri atas anak daun yang berbentuk bulat telur.
• Bunganya tersusun dalam tandan.
• Buah maja ada yang berbentuk bola dan ada yang bulat memanjang.

9. Murbei (Morus alba)

• Tanaman ini tumbuh liar di Pulau Jawa dan Sumatera.
• Tanaman ini berasal dari dataran Cina.
• Biasanya dibudidayakan untuk diambil daunnya.
• Daun murbei merupakan satu-satunya pakan ulat sutera hingga saat ini.
• Bentuk daunnya bulat telur atau menjari lima dengan pinggiran bergerigi.
• Buah murbei berukuran kecil-kecil, apabila masak akan berwarna merah, agak berair dan rasanya enak.

10. Mustam (Diospyros montana)

• Tanaman ini berkerabat dekat dengan kesemek (Diospyros khaki).
• Tanaman ini berasal dari daerah Cina.
• Tanaman ini cocok tumbuh di daerah dataran tinggi yang cukup lembab dan agak toleran terhadap daerah rendah hanya saja produksi buahnya menjadi sulit.
• Daun mustam berwarna hijau cerah segar.
• Penampilan bonsai mustam terlihat menarik karena mempunyai batang yang tegap dan daunnya yang indah.

11. Nam-nam (Cynometra cauliflora)

• Nama lain dari tanaman ini yaitu kepel atau puki anjing. Tanaman ini berasal dari India.
• Tanaman ini di habitat aslinya berupa pohon dengan tinggi 5 – 12 m.
• Daunnya berbaris dua-dua. Daun muda putih atau merah dan kemudian akan berubah menjadi hijau.
• Bunganya terdapat dalam tandan.
• Daun pelindungnya mirip selaput kering.
• Bakal buah bertangkai pendek. Buah tiap tandan terdiri atas 1 – 2 polong. Polong berbentuk elips sampai setengah lingkaran.
• Daging buah berlipat-lipat dengan warna kuning atau kemerahan.

12. Rukem (Flacourtia indica)

• Kerabat dekat tanaman ini lebih banyak memiliki duri pada batangnya.
• Tanaman ini merupakan asli dari Indonesia dan sering ditemukan tumbuh liar di hutan-hutan.
• Tanaman ini di alam bebas memiliki tinggi 5 – 15 m.
• Ranting tanaman bertonjolan tidak teratur.
• Daunnya oval dan meruncing panjang. Warna daun muda cokelat hingga kemerahan.
• Rasa buah rukem kesat sedikit manis sehingga kurang disukai.